Com a transferência da Corte Portuguesa para o Brasil no ano 1808, juntamente com a Corte Portuguesa chegou aos país a família Castilho. Manuel Francisco de Castilho, casado a nobre portuguesa D. Maria Francisca de Jesus, vivia da criação de gado no Piauí. Vindo a falecer Manuel, a viúva D. Maria Francisca e os seus filhos foram para a Corte do Rio de Janeiro. Chegando, fez-se amiga da Imperatriz D. Leopoldina e tornou-se ama de leite do futuro Imperador D. Pedro II. O fato comoveu D. Pedro I que em reconhecimento a presenteou com uma sesmaria (Carta lavrada aos 7 de maio de 1825) cujas terras abrangiam imensos horizontes no estado de São Paulo. Parte do atual município pertencia a Sesmaria Capa-Preta da família Castilho.
Mais tarde, a família Mendes adquiriu terras compreendendo em lotes que teriam pertencido a Sesmaria. Em fins do século XIX, as terras foram divididas conforme sentença homologada em 16 de maio de 1898, entre 65 condôminos, a citar alguns: Anna Flauzina de Jesus, Francisco Salles de Almeida Leite, Francisco José Ferraz, Francisco Thomaz Villela, Francisco da Cunha Villela, Honório Alves da Cunha, Joaquim Leonel Ferraz, Dr. Luiz Santos Dumont (irmão de Alberto Santos Dumont), Leonel José Ferraz, Marcos Villela Louzada.
Embora a Fazenda Mendes tivesse sido dividida judicialmente no ano de 1898, algumas famílias teriam se fixado na região antes dessa partilha.
Leonel José Ferraz, vindo da cidade de São Carlos/SP fixou-se em Aparecida do Monte Alto atraído pela grande quantidade de madeira existente na região. Adquiriu terras à margem do Ribeirão dos Mendes e construiu a primeira habitação de madeira. Leonel denominou estas plagas de “Matão”, devido à exuberância de verde. Seduzidas pela atividade da madeira, as pessoas que se dirigiam à região referiam-se a ela como “Matão do Leonel”.
A partir de então, atraídos por motivos econômicos, desbravadores adquiriram propriedades na região e nela se estabeleceram (são considerados os fundadores do município). Em 1894, Francisco Salles de Almeida Leite adquiriu terras iniciando a primeira lavoura de café. Por volta de 1903, o italiano José Agustoni adquiriu terras onde hoje localiza-se a sede do município, trabalhando no transporte de cargas e passageiros e no comércio. No ano de 1904, o comerciante Júlio Freitas da Silva e o madeireiro Joaquim Gorgulho estabeleceram-se no município, assim como Giácomo Pedrassoli, cafeicultor que instalou as primeiras máquinas de beneficiamento de café e arroz.
Em 1909, chegou ao povoado os trilhos da Estrada de Ferro Araraquara, funcionando como principal meio de escoamento da produção agrícola do "Matão do Leonel" que passou a chamar-se Fernando Prestes em homenagem ao Coronel Fernando Prestes de Albuquerque, por sugestão de Francisco Salles de Almeida Leite.
O processo migratório exerceu importante influência na formação do país. Com a ascensão da lavoura de café, associada à fertilidade das terras fernando-prestenses, muitas famílias fixaram-se na região, contribuindo em vários setores da economia do município, principalmente os italianos na agricultura, os portugueses na agricultura e comércio, os sírios-libaneses no comércio. Entre muitas famílias, citam-se algumas.
Por ocasião da II Guerra Mundial, foi realizado um recadastramento dos imigrantes no país. O livro "Cidade de Fernando Prestes: resgate de sua memória", apresenta alguns imigrantes (país de origem, filiação, chega ao país, matrimônios e outros) que a época se recadastraram junto a Delegacia de Polícia de Fernando Prestes.
Segue uma lista com o país de origem e o sobrenome de algumas famílias apresentadas no livro:
Com o desenvolvimento, o povoado passou a ter relevância nos contextos político, social, histórico e geográfico do estado, motivo pelo qual em 29 de dezembro de 1914, foi criado o Distrito de Paz de Fernando Prestes, no município de Monte Alto e Comarca de Jaboticabal. Nesse sentido, passou a ter mais autonomia, sendo criado na ocasião o cargo de sub-prefeito.
Na década de 1930, os ideais de liberdade começavam a ecoar e a comunidade começou a se organizar politicamente dando ensejo a criação de partidos políticos. Juntamente com os políticos locais, trabalharam pela emancipação do município os deputados Bento de Abreu Sampaio Vidal, Bento de Abreu Sampaio Vidal Filho, Leonel Benevides de Rezende e o Sr. Odorico Magalhães. Em 5 de julho de 1935 por meio do decreto 7.354 foi criado o município de Fernando Prestes pelo então Governador Doutor Armando de Salles Oliveira. Essa data é feriado municipal de "Aniversário da Cidade" ou ainda de "Aniversário de Emancipação Político-Administrativa".